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Installation de SIEDmaker :
Cet outil graphique permet d’ouvrir le fichier cameca NanoSIMS50 .im, d’extraire les images, d’éditer le fichier de configuration pour SIED et de générer un script pour lancer séquentiellement plusieurs analyses. SIEDmaker utilise la bibliothèque Gimp Toolkit 2 (GTK+2). Téléchargez et installez la dernière version sur le site officiel http://www.gtk.org/ ou installez le paquet pour votre distribution.
Pour les distributions Linux utilisant apt-get, il suffit de taper :
sudo apt-get install libgtk2.0-dev
Allez dans le répertoire où vous avez stocké le fichier source siedmaker.c et compilez-le en tapant (sur une seule ligne) :
gcc `pkg-config gtk+-2.0 --cflags` siedmaker.c -o SIEDmaker `pkg-config gtk+-2.0 --libs` -lm
Note : ignorer les avertissements lors de la compilation. Normalement, il créera le SIEDmaker binaire.
Installez le programme dans votre chemin d’accès en tapant :
sudo cp SIEDmaker /usr/bin
Maintenant, vous pouvez exécuter SIEDmaker en tapant :
SIEDmaker
Note : Si vous devez analyser un fichier généré par une ancienne station SUN 16 bits, il est conseillé d’utiliser SIEDmaker 2.31. Une méthode alternative est de convertir l’ancien format (16 bits) au nouveau (32 bits) avec SUN2win afin d’utiliser la nouvelle version de SIEDmaker (voir SIEDusersguide).
Pour plus d’informations sur le remplissage des paramètres de ce logiciel, lisez SIEDusersguide.
Installation de SIED :
Installez les biobliothèques openMPI et GSL. En fonction de votre distribution, des paquets compilés peuvent être trouvés.
OpenMPI : http://www.open-mpi.org pour le téléchargement et la documentation.
GSL : http://www.gnu.org/software/gsl/ pour le téléchargement et la documentation.
Remarque : Sur les distributions Linux qui utilisent apt-get (comme Debian, Ubuntu, etc.), installez les bibliothèques en tapant simplement :
sudo apt-get update
sudo apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev libgsl23 libgslcblas0 libgsl-dev
Dans le cas où vous devez installer les bibliothèques à partir des sources, voir directement leur documentation.
Compilez SIED, allez dans le dossier SIED et tapez :
mpicc -o SIED sied.c -lgsl -lgslcblas -lm
Installez SIED :
sudo cp SIED /usr/bin
Utilisation de SIED :
Dans le répertoire contenant les fichiers image au format texte et le fichier de configuration, tapez en ligne de commande :
mpiexec -np 8 SIED config.ini
Cette commande lancera l’analyse avec les paramètres contenus dans le fichier « config.ini » avec 8 processus (ajustez le nombre suivant « -np » avec le nombre de coeurs de votre processeur). Pour plus d’information sur le multithreading, consultez la documentation de votre bibliothèque MPI.
Note : Pendant l’exécution de SIED, presque toutes les ressources CPU sont utilisées, ce qui ralentit votre système.
Pour plus d’informations sur l’interprétation des résultats du logiciel, voir le guide de l’utilisateur SIED.
